深圳市城市轨道交通票价实行里程分段计价票制，同网同价。
普通车厢起步价：首4公里人民币2元;4公里至12公里部分，每人民币1元可乘坐4公里;12公里至24公里部分，每人民币1元可乘坐6公里;超过24公里，每人民币1元可乘坐8公里。
商务车厢票价由全程路径里程对应的普通车厢票价和商务车厢使用费两部分组成，商务车厢使用费等于该路径中商务车厢里程对应的普通车厢票价的2倍。
深圳城市轨道交通四期线网票价表的编制按照现行规定的里程分段计价票制和票价标准，并遵循以下原则：一是按“最短路径”方式核定计费里程并计算票价；二是对原线网票价实行“就低不就高”原则核定，原有站间票价低于里程计程收费标准的，继续按原标准执行。
即对于同一起、终点间存在2条及以上可能的出行路线的情况，选择其中里程最短的路线确定计费。
由于四期新线开通后，部分站点间的最短路径较之前缩短，该部分区段的票价将会有所下降。
以5号线灵芝站至11号线福永站的票价变化为例：12号线开通前，灵芝站到福永站需经5号线到前海湾站，再换乘11号线到达福永站，最短线路里程为24.38公里，票价为7元。12号线开通后，灵芝站可由12号线直达福永站，最短线路里程缩短为17.20公里，票价为5元，下降了2元。但不管乘客选择哪条线路出行，都将按照其中最短的里程——即12号线直达的距离进行计算，即收取票价5元。
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